無塵車間分潔凈區、準潔凈區和輔助區三部分。無塵車間的平面布置有外廊環繞式：外廊可以有窗和無窗，參觀和放置一些設備用，有的在外廊內設值班采暖。外窗一定要雙層密封窗。 內廊式：無塵車間設在外圍，而走廊設在里面，這種走廊的潔凈度一般比較高，甚至和無塵車間同級。 兩端式：潔凈區設在一邊，另一邊設準潔凈和輔助用房。 核心式：目的節約用地、縮短管線，設定潔凈區為核心，四周被各種輔助用房和隱蔽管道的空間合圍起來，這種方式避開室外氣候對潔凈區的影響，減少了冷熱能耗，便于節能。
不同的無塵車間在選擇室內裝修材料時要考慮各自的需求：1、無塵車間要頻繁擦拭，除了用水擦拭還有消毒水、酒精、其它溶劑等擦拭，這些液體都具有化學品性，會使一些材料表面變色、脫落，這里就要求裝修材料上面有一定的耐化學品性。2、例如手術室為了殺菌，一般會安裝三氧O3發生器，O3(臭氧)強氧化氣體，加速環境中物體特別是金屬的氧化銹蝕，還會使一般涂層表面由于氧化而褪色，變色，所以這種無塵車間要求其裝修材料有很好的耐氧化性，不會產生銹銹跡。
無塵車間的設計要合理布置工藝流程和建筑平面 ，選擇滿足無塵車間特點的建筑構造和材料，無塵車間設計應一根據當地能源供應背景，選定可靠和經濟的冷、熱源，劃分和布置空調凈化和排風系統，選擇合理的空氣凈化通風設備，不管是新建還是改造的無塵車間，要嚴格按照國家相關標準和規范進操作。
